Pada awal pemerintahan Akbar, beliau mengambil keputusan untuk menghapuskan ancaman daripada dinasti Sher Shah dan juga mengepalai askar untuk menentang yang terkuat di antara tiga musuhnya, iaitu Sikandar Shah Suri, di Punjab. Beliau meninggalkan kota Delhi di bawah pemerintahan pemangkunya Tardi Beg Khan.

Sikandar Shah Suri tidak berapa mengambil perhatian terhadap Akbar, seringkali dia berundur apabila dihampiri oleh Akbar. Bagaimanapun, Hemu, seorang pahlawan Hindu yang berkasta rendah, telah melancarkan serangan mengejut ke atas Tardi Beg Khan yang tidak bersedia dan menyebabkan Tardi terpaksa berundur dari Delhi. Hemu, yang melancarkan serangan bagi pihak Adil Shah Suri, salah seorang daripada saudara Sikandar, di samping telah berjaya memenangi 22 pertempuran secara berturut-turut, melantik dirinya sendiri sebagai raja, iaitu Raja Vikramaditya.

Khabar tentang penyerahan Delhi tersebar dengan cepat sekali ke pemerintah Mughal itu. Beliau telah dinasihatkan supaya berundur dahulu ke Kabul, yang secara umumnya agak selamat. Bagaimanapun, Bairam Khan mempunyai pandangan yang berbeza dan mendesak Akbar supaya menentang penceroboh dan mendapatkan kembali pusat pentadbiran mereka itu. Akbar bersetuju dengan Bairam, dan meneruskan kemaraan ke Delhi. Untuk menaikkan moral askar-askarnya, Akbar mengambil langkah yang pelik dengan mengarahkan salah seorang askarnya supaya membuat/mereka imej Hemu, yang mana imej itu akan diisi dengan serbuk bedilan dan akan dibakar. Semasa perjalanannya, beliau telah disertai oleh Tardi Beg Khan dan askarnya yang ikut berundur. Tardi menasihatkan Akbar supaya berundur ke Kabul tetapi telah ditolak oleh beliau. Tardi akhirnya telah dihukum mati oleh Bairam Khan atas tuduhan pengecut, walaupun Abu Fazl dan Jahangir merekodkan bahawa mereka percaya tindakan Bairam menggunakan isu pengunduran ke Kabul adalah untuk menghapuskan pesaingnya itu.

Askar Akbar berjaya menewaskan Hemu yang ternyata mempunyai jumlah tentera yang lebih besar dalam Pertempuran Panipat yang Kedua, yang terletak 50 batu dari Delhi pada 5 November 1556. Satu panah telah menusuk ke mata Hemu. Dia telah dibawa kehadapan Akbar dalam keadaan tidak sedarkan diri dan telah dipancung. Sesetengah sumber mengatakan bahawa Bairam sebenarnya yang memancung Hemu. Kepala Hemu telah dihantar ke Kabul manakala badannya telah dipamerkan di sebuah tiang gantung yang disediakan istimewa untuk tujuan ini. Lebih ngeri lagi, Akbar telah mengikut tradisi Khanate yang terdahulu, seperti Genghis Khan, dengan membina "tiang kemenangan" yang diperbuat daripada kepala askar-askar musuhnya yang terbunuh.

Akbar telah mendapat lebih daripada 1,500 Gajah Perang dalam kemenangan itu. Gajah-gajah perang itu kemudiannya digunakan untuk menentang Sikandar Shah pada waktu pengepungan di Mankot. Sikandar menyerah diri dan terselamat daripada dibunuh oleh beliau. Dia hidup hingga dua tahun selepas itu di sebuah kawasan yang dikurniakan oleh Akbar. Pada 1557, ancaman terakhir terhadap Akbar ialah Adil Shah, saudara kepada Sikandar. Adil Shah terbunuh dalam satu pertempuran di Bengal. Serentak dengan itu, seluruh Hindustan berada di dalam tangan Akbar walaupun ketika itu beliau baru berumur 15 tahun.